Une ancienne villa romaine des environs de Ruscino - antique ville ibéro-ligure et cité latine détruite en 828, aujourd'hui Castell-Rossello (Château-Roussillon) - est sans doute à l'origine de Perpignan, dont la plus ancienne mention (villa Perpinianum) remonte toutefois seulement à l'an 927.

Le comté du Roussillon fut créé vers 755 par Pépin le Bref après la reconquête du territoire sur les Arabes. Les comtes de Roussillon, en s'établissant à Perpinyà dans les dernières années du Xe siècle, en firent la capitale politique du comté, tandis que le siège de l'évêché, créé vers 550, était fixé à Elne (Helena). Il y restera jusqu'en 1602.

Le comté ne comprenait guère alors que la plaine côtière, de l'Albère aux Corbières. Tout le reste de l'actuel département des Pyrénées-Orientales (Cerdagne, Capcir, Conflent, Fenouillèdes, Haut-Roussillon et Vallespir) relevait alors de la Maison de Cerdagne-Besalu, issue de la même souche que les comtes de Barcelone. Ceux-ci, qui avaient recueilli dès 1111 et 1117 l'héritage de leurs parents de Cerdagne-Besalu et acquis, par mariage, le royaume d'Aragon (1150), se virent enfin léguer le comté de Roussillon, en 1172, par le testament du comte Gérard II. Alphonse II d'Aragon le céda à son frère Sanche, branche cadette de la couronne, en 1185. Le fils de Sanche, Nunyo, unit à son profit le Roussillon, le Besalu, la Cerdagne et le Conflent, puis la cité de Montpellier. En 1241, cet apanage retourna à la royauté d'Aragon.

Le traité de Corbeil (1258), par lequel Saint Louis renonçait en faveur du roi d'Aragon, Jacques Ier le Conquérant, à tous les droits de souveraineté théoriques qu'il détenait - depuis Charlemagne - sur le Roussillon et les comtés de l'ancienne Marche d'Espagne ou "Vieille Catalogne", consacra pour des siècles l'appartenance de Perpignan et du Roussillon au royaume catalan-aragonais.

En 1276, à sa mort, Jacques Ier donne le comté à son second fils, qui prit le nom de Jacques Ier de Majorque, constituant un nouveau royaume, le Royaume de Majorque. Celui-ci était composé de quatre seigneuries séparées : les Iles Baléares, le Roussillon, la Cerdagne et Montpellier. La ville de Perpignan connut alors sa période la plus brillante. C'est là que fut élevé le Château Royal de Perpignan (1289), où résidèrent successivement Jacques Ier de Majorque (1276-1311), Sanche (1311-1324) et Jacques II de Majorque (1324-1344), rois de ce composite et éphémère Royaume de Majorque, qui demeura toujours en butte au mauvais vouloir de la branche aînée d'Aragon-Barcelone et auquel mit fin par la force, en 1344, Pierre IV d'Aragon, dit le Cérémonieux.

Dès le XIIe siècle et encore durant cette période, Perpignan connut un essor commercial et industriel considérable, actif, à la manière des républiques urbaines d'Italie, grâce à son rôle politique, sa structure consulaire et corporative, son active population de parayres (pareurs de draps), teinturiers, tanneurs, brodeurs et ses ateliers d'orfèvres, peintres et sculpteurs.

L'industrie drapière prit d'ailleurs tellement d'importance qu'un canal, le canal de Thuir (35 km), fut creusé au début du XIVe siècle pour irriguer la rive droite de la Têt. Les relations routières entre l'Italie, la Provence et l'Espagne favorisaient la croissance et l'activité de la cité catalane. Quant au Palais, siège d'une cour brillante, il attirait de nombreux artistes, mais également des religieux, dominicains ou franciscains, comme en témoignent les constructions de nouveaux couvents ou du grand cloître de la cathédrale. Enfin, une université fut créée en 1349 par Pierre IV d'Aragon.

Le 9 mai 1462, par le traité de Bayonne, Jean II d'Aragon céda le comté à Louis XI pour prix de son aide contre la rébellion catalane. Les dix années d'occupation de la ville par l'armée française furent très dures. Perpignan se souleva en 1473, mais fut repris le 10 mars 1475 par les Français, après un siège terrible qui lui valut de se voir décerner par les rois d'Aragon le titre de Fidélissime Ville.

La répression fut ferme, mais le 19 janvier 1493, Charles VIII, désireux d'avoir les mains libres en Italie, restitua le Roussillon et la Cerdagne aux Rois Catholiques par le traité de Barcelone qui, réunissant par leur mariage l'Aragon et la Castille, venaient, par la conquête de la Grenade, de réaliser l'unité de l'Espagne.

Cependant, la rivalité franco-espagnole et les conflits qui suivirent devaient entraîner la décadence économique de Perpignan, dotée par Philippe II de puissantes fortifications. A la suite de la révolte catalane de 1640, au cours de laquelle les Catalans, insurgés contre le gouvernement de Madrid, proclamèrent Louis XIII comte de Barcelone, Perpignan, défendu par une garnison italo-castillane, connut à nouveau un siège mémorable, auquel participèrent en personne Louis XIII et le cardinal de Richelieu. Le 9 septembre 1642, les Français et leurs alliés catalans entraient dans Perpignan, accueillis avec soulagement par une population affamée et en grande partie hostile à ses maîtres castillans.

Mais le traité des Pyrénées, conclu en 1659-1660, annexant à la France le Roussillon et une partie de la Cerdagne et abandonnant la Catalogne, consacrait l'échec de la révolte barcelonaise et fut durement ressenti par les Catalans.

Les gigantesques travaux de Vauban devaient faire de Perpignan une cité désormais imprenable, et pourtant, il ne reste à peu près rien, aujourd'hui, de l'oeuvre du grand ingénieur.

Les nécessités de son expansion amenèrent la ville à faire éclater, autour de 1900, la ceinture de remparts qui l'enserrait. Il est certain que cette démolition ne s'est pas toujours faite avec le discernement souhaitable.

Depuis, la ville neuve s'est considérablement agrandie et comprend une série de belles places et d'avenues ombragées de platanes, de mimosas et de palmiers. Elle garde néanmoins une couleur toute méridionale qui lui donne l'aspect d'une cité de plaisance au séjour agréable et animé.